특허법 제66조의3을 보면 특허결정 이후의 심사관에 의한 <직권 재심사제도>를 규정하고 있는데, 2016년 개정법에서 도입된 제도로서 현재 출원 중인 모든 출원은 이 규정의 적용을 받는다.

직권 재심사제도가 도입되기 이전에는 특허결정 이후부터 특허권이 발생하기 전까지 심사관이 심각한 하자를 발견하더라도 다시 심사를 재개할 수 없어 하자 있는 특허가 그대로 등록되는 문제가 있었으나, 현재는 심사관의 직권에 의한 재심사제도가 도입됨으로써 특허결정 이후에도 심사관이 명백한 거절이유를 발견하면 다시 심사하여 하자 있는 특허가 등록되는 것을 사전에 방지할 수 있다.

이러한 직권 재심사제도는 특허권자가 특허료를 납부하여 특허권이 발생한 경우에는 권리의 안정성을 해하지 않도록 설정등록 전까지의 시기적 요건을 충족시키는 경우에 한하여 직권 재심사를 할 수 있으며, 심사관이 이미 특허결정한 특허출원에 대하여 직권으로 특허결정을 취소한다는 점을 고려하여 거절이유가 명백한 경우로 한정하여 운영되고 있다.

직권 재심사제도와 관련된 실체적 요건을 살펴보면, 특허결정된 특허출원에 관하여 배경기술의 기재요건, 청구범위 기재방법, 및 단일성 위배의 거절이유를 제외한 명백한 거절이유를 발견한 경우에 심사관은 직권으로 특허결정을 취소하고 다시 심사할 수 있다. 여기서, 명백한 거절이유란 특허결정된 특허출원이 무효될 가능성이 있다는 정도만으로는 부족하고, 그 거절이유로 인하여 특허결정된 특허출원이 무효될 것이 명백한 경우로 한정된다.

아울러, 심사관은 특허결정된 특허출원에 관하여 명백한 거절이유로 취소하고자 하할 때에는 단독으로 결정할 수 없고 반드시 심사관 3인 협의에 의하여야 하며, 특허결정을 취소한다는 사실을 특허출원인에게 알려야 한다. 또한, 심사관은 취소를 통지한 이후 신속하게 직권 재심사를 하게 된 명백한 거절이유를 최초 의견제출통지서로 출원인에게 통지하여 의견서를 제출할 기회를 주어야 하는데, 이러한 최초 의견제출통지서에 대하여 출원인은 최초 명세서 또는 도면에 기재된 사항의 범위에서 명세서 또는 도면을 보정할 수 있다. 이 경우 직권으로 재심사하여 취소된 특허결정 전에 이미 통지한 바 있는 거절이유로 거절결정을 하려는 경우에도 출원인에게 거절이유를 다시 통지하여 의견서를 제출할 기회를 주어야 한다.

살펴 본 바와 같이 직권 재심사제도는 심사관에 의한 무효심판 청구와 함께 하자있는 특허를 심사관 스스로 정리하기 위한 제도라는 것을 알 수 있으나 심사관에 의한 무효심판 청구가 이루어지지 않고 있다는 점을 고려할 때 직권 재심사제도의 경우도 그리 활발하게 활용될 가능성은 없어 보인다. 다만, 특허결정된 특허출원에 대하여 설정등록 전에 제3자가 정보제공을 하는 경우, 심사관은 제출된 증거자료를 검토하여 특허결정된 특허출원에 명백한 거절이유가 있다고 판단되면 직권 재심사제도를 활용하여 직권으로 특허결정을 취소할 수 있다는 점을 고려한다면 그 존재 가치를 무시할 것만은 아니다.