등록받은 특허라도 이를 실시할 때 타인의 특허권을 침해할 수 있으니 염두에 두어야 한다. 일반적으로 특허등록이 되면 해당 특허권에 대하여 독점배타권이 발생하여 특허권자는 등록된 청구범위 내에서 자유롭게 실시할 수 있음이 원칙이나, 상황에 따라서는 등록받은 특허라도 타인의 허락없이 실시하면 타인의 특허권을 침해할 수 있다.

이와 같이 등록된 특허권 사이에 침해 문제가 발생되는 것은 선행특허(먼저 출원하여 등록을 받은 특허)와 후행특허(선행특허보다 늦게 출원하여 등록을 받은 특허)가 있고, 선행특허와 후행특허 사이에 일정한 관계가 성립하는 경우가 있기 때문인데, 특허법은 이러한 상황을 고려하여 규정을 두고 있다.

특허법 제98조를 보면, 『특허권자ㆍ전용실시권자 또는 통상실시권자는 특허발명이 그 특허발명의 특허출원일 전에 출원된 타인의 특허발명ㆍ등록실용신안 또는 등록디자인이나 그 디자인과 유사한 디자인을 이용하거나 특허권이 그 특허발명의 특허출원일 전에 출원된 타인의 디자인권 또는 상표권과 저촉되는 경우에는 그 특허권자ㆍ실용신안권자ㆍ디자인권자 또는 상표권자의 허락을 받지 아니하고는 자기의 특허발명을 업으로서 실시할 수 없다.』라고 규정되어 있다. 선행특허와 후행특허가 이용 저촉 관계에 있으면 후행특허권자가 선행특허권자의 허락을 받지 않고 자기의 특허발명을 업으로 실시하면 일반적인 제3자와 마찬가지로 특허권 침해를 이유로 민형사상 책임을 지게 된다.

예를 들어, 선행특허의 청구항은 특정 물품을 제작하는 성형 공법에 관한 것으로서, 일정한 폭의 시트메탈 스트랩(sheet metal strap)을 따라 미리 설정된 간격으로 펀칭(punching)하여 탭(22)에 의하여 지지되는 원형의 모재를 연속적으로 형성시키는 제1단계; 시트메탈 스트랩을 하부다이의 표면에 밀착시켜 붙잡은 상태에서 하부다이의 내부로 하강하는 드로잉펀치를 이용하여 원형의 모재를 원통 형태로 성형하는 제2단계; 원통 형태로 성형된 모재의 바닥면을 펀칭하여 원통관 형상으로 개방시키는 제3단계; 및, 원통관 형태로 개방된 모재의 내부로 게이지가 삽입되고 외측에서 수평 방향으로 슬라이딩 이동하는 사이드캠을 이용하여 모재를 압착하여 미리 설계된 최종 형태로 성형하는 제4단계;를 포함하여 구성되는 것을 특징으로 한다고 기재되어 있고, 후행특허는 선행특허의 청구항에 기재된 제1단계, 제2단계, 제3단계 및 제4단계를 모두 포함하면서 별도의 헤밍가공 과정인 제5단계가 추가된 것으로 출원하고, 추가된 내용에 특허성이 인정되어 등록이 되었다면 후행특허의 실시는 필연적으로 선행특허의 청구항에 기재된 제1단계 내지 제4단계의 실시를 수반하게 된다.

즉, 후행특허를 실시(제1단계부터 제5단계까지 실시)하면 선행특허의 청구항에 기재된 제1단계부터 제4단계를 모두 실시하는 결과가 되고, 선행 특허권자의 동의나 승낙없이 후행특허를 무단으로 실시하면 비록 후행특허가 별도로 등록을 받았다고 하더라도 특허법 제98조에 따라 이용관계에 의한 침해가 성립한다. 이런 이용관계에 따른 침해 문제는 경쟁업체 사이에서 언제든지 발생될 수 있는 상황인 바, 경쟁업체의 기존 발명을 개량한 내용으로 특허출원을 한 경우라면 비록 등록을 받더라도 특허권 침해가 성립될 수 있음을 염두에 두고 침해 여부를 사전에 검토하여 불필요한 분쟁을 예방해야 한다.