특허권자는 특허발명을 실시할 권리를 독점하며, 제3자에게 실시권(통상 또는 전용)을 설정해 줄 수도 있는데, 특허권자가 실시권을 설정해 줄 경우 무상으로 실시를 허락하는 경우도 있으나 상당한 대가를 요구하는 경우가 일반적이다. 

그런데, 현재 존속하는 유효한 특허권들도 그 존속기간이 절대적으로 보장되는 것이 아니라 무효사유에 해당될 경우에는 존속기간이 만료되지 않더라도 무효심판의 심결에 의하여 무효가 될 수 있다. 

이같이 특허권이 예기치 않은 사유가 생겨 무효로 될 경우, 특허권에 수반된 실시권이 없었던 경우는 별다른 문제를 야기시키지 않고 정리될 수 있으나, 무효심판이 청구되기 이전에 이미 실시권이 설정되어 있었다면 실시권자와 특허권자 사이에 실시료 지급 여부에 대한 분쟁이 발생될 수 있다. 

왜냐하면, 실시권자 입장에서는 실시권 설정의 대가로 특허권자에게 지불하였거나 지불할 실시료나 계약금이 있는데, 예기치 않은 사유로 특허권이 무효심결에 의하여 처음부터 없었던 것으로 정리될 경우 이미 지불한 실시료나 계약금은 처음부터 지불할 필요가 없었음에도 불구하고 잘못 지불된 것이라고 생각할 수 있고, 특히 특허권이 무효심결로 정리되기 이전에 지불해야 할 실시료를 아직 지불하지 않았다면 실시료를 지불하고 싶지 않을 것이기 때문이다. 

이와 관련된 대법원 판례(대법원 2019. 4. 25. 선고 2018다287362 판결)를 보면,

『,,,,,특허가 무효로 확정되면 특허권은 특허법 제133조 제1항 제4호의 경우를 제외하고는 처음부터 없었던 것으로 간주된다(특허법 제133조 제3항). 그러나 특허발명 실시계약이 체결된 이후에 계약의 대상인 특허권이 무효로 확정된 경우 특허발명 실시계약이 계약 체결 시부터 무효로 되는지는 특허권의 효력과는 별개로 판단하여야 한다. 

특허발명 실시계약을 체결하면 특허권자는 실시권자의 특허발명 실시에 대하여 특허권 침해로 인한 손해배상이나 그 금지 등을 청구할 수 없고, 특허가 무효로 확정되기 전에는 특허권의 독점적·배타적 효력에 따라 제3자의 특허발명 실시가 금지된다. 이런 점에 비추어 특허발명 실시계약의 목적이 된 특허발명의 실시가 불가능한 경우가 아니라면 특허 무효의 소급효에도 불구하고 그와 같은 특허를 대상으로 하여 체결된 특허발명 실시계약이 그 계약의 체결 당시부터 원시적으로 이행불능 상태에 있었다고 볼 수는 없고, 다만 특허 무효가 확정되면 그때부터 특허발명 실시계약은 이행불능 상태에 빠지게 된다고 보아야 한다(대법원 2014. 11. 13. 선고 2012다42666, 42673 판결 등 참조).,,,,』며 판시한다. 

결국 특허발명 실시계약 체결 이후에 특허가 무효로 확정되었더라도 특허발명 실시계약이 원시적으로 이행불능 상태에 있었다거나 그 밖에 특허발명 실시계약 자체에 별도의 무효사유가 없는 한, 특허권자는 원칙적으로 특허발명 실시계약이 유효하게 존재하는 기간 동안 실시료의 지급을 청구할 수 있는 것이고 실시권자는 이에 따라 실시료 등을 지불해야 함을 염두에 두어야 한다.